Он был основан благодаря группе краеведов-энтузиастов и призван рассказать об истории города, жизни, быте и ремеслах бывших жителей этих земель. В 1990 году музей переехал в бывший особняк Зотовых-Чернышевых ‒ усадьбу «Лыткарино».
«Музею потребовалась масштабная реставрация. Она затянулась на несколько лет и стала по-настоящему народной: помогали жители, предприниматели, город, министерство культуры Московской области. Было тяжело и морально, и физически: буквально на своих плечах мы перетаскали множество экспонатов с места на место. То, что у нас получилось в итоге, определенно стоило всех трудностей и усилий. По фотографиям и документам мы воссоздали исторический облик усадьбы по состоянию на конец XIX века. Удалось восстановить истинное расположение дверей, комнат, печей и каминов в поместье. Несмотря на все изменения, наш музей остался любимым горожанами народным учреждением».
— сказала директор Лыткаринского историко-краеведческого музея Надежда Голубева
Директор учреждения отметила, что сотрудники музея внесли большой вклад в реставрацию особняка, отдавая все свои силы на сбор и сохранение экспонатов, большую исследовательскую работу. Одновременно с главным домом усадьбы приводили в порядок и участок сохранившегося парка, благоустройство которого завершилось в сентябре 2012 года. Тогда же, к 200-летию Победы России в Отечественной войне 1812 года, был установлен памятник светлейшему князю Александру Чернышеву. Долгожданное открытие усадьбы «Лыткарино» состоялось 15 сентября 2021 года. С тех пор, согласно приведенной в отчетах музея статистике, ежегодно наблюдается прирост посетителей культурного учреждения. Этому способствует большая работа сотрудников музея по поиску новых экспонатов и исторических сведений, привлечению интересных проектов и организации познавательных мероприятий. За 2023 год Лыткаринский историко-краеведческий музей посетили более 23 000 горожан и гостей муниципалитета, интересующихся историей края. В плане мероприятий ближайшим событием станет открытие в большом зале музея персональной выставки московского художника Сергея Олейникова 26 января в 14:00. В ближайшее время в учреждении появятся выставки, посвященные СВО, самодельным игрушкам. О новых культурных событиях можно узнать на сайте музея.
Губернатор Московской области Андрей Воробьев отметил важность работы по сохранению исторического и культурного наследия в Подмосковье.